劉小樂——「欲窮千里目,更上一層樓」(八)

更新時間:2022-04-03 09:13:59 所屬欄目:基因組 作者:陳俞士

摘要:欲實時把握基因組編輯/合成生物學理論,技術和應用的最新進展,請參加第一屆基因組編輯/合成生物學的理論和應用研究研討會(2018年6月8-10日,上海)。點擊文末「閱讀原文」,即可註冊第一屆基因組編輯/合成生物學的理論和應用研究研討會(2018年6月8-10日,上海)。劉小樂劉小樂

欲實時把握基因組編輯 / 合成生物學理論,技術和應用的最新進展, 請參加第一屆基因組編輯 / 合成生物學的理論和應用研究研討會(2018 年 6 月 8 -10 日,上海)。

點擊文末「閱讀原文」,即可註冊第一屆基因組編輯 / 合成生物學的理論和應用研究研討會(2018 年 6 月 8 -10 日,上海)。

劉小樂

劉小樂 XIAOLE SHIRLEY LIU

xsliu@jimmy.harvard.ed

http://liulab.dfci.harvard.edu/

哈佛大學與 Dana-Farber 癌癥研究所,教授同濟大學,長江講座教授, 千人計劃

http://i.bio360.net/MEET/2018Genome/lxl.html

主題報告

2018 年 6 月 9 日上午 09:50-10:20 主題報告

Computational and Experimental Development for CRISPR Screens

CRISPR screen is a powerful technique for systematic genetic analysis to identify key genes for tumorigenesis and progression, biomarkers of drug response, and mechanisms underlying drug

resistance. However, there are still many computational analysis challenges for experimental biologists to adopt the technology, including how to design a good gRNA library, how to analyze the CRISPR

screen data, how to prioritize the CRISPR screen hits for functional validation, and how to model and visualize screen results in multiple conditions. I will discuss a number of computational methods

we developed to overcome these challenges. I will also discuss our experimental efforts using primary and secondary screens to identify synthetic lethal genes and understand the mechanism underlying

the hormone- independent growth and metastasis of breast cancer, and using paired gRNAs to screen for functional non-coding elements in the genome.

科研成果

劉小樂教授——基因編輯相關及代表性文章:

Nat Biotechnol: 建立長非編碼 RNA 的高通量功能性篩選新方法

Zhu S, Li W, Liu J, Chen C-H, Liao Q, Xu P, Xu H, Xiao T, Cao Z, Peng J, Yuan P, Brown M, Liu XS* & Wei W*. (2016) Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a

paired-guide RNA CRISPR library. Nat Biotechnol doi:10.1038/nbt.3715.

劉小樂(Shirley Liu)研究組與北大魏文勝研究組合作,建立了 paired-guide RNA(pgRNA)文庫的構建方法,通過 pgRNA 引入的基因組大片段刪除來破壞 lncRNA 表達及功能,并由慢病毒介導在多個癌細胞系中實現了功能篩選,從~12,000 pgRNA 的 CRISPR 文庫中成功鑑定出正向及負向調控癌細胞增殖的 lncRNA。論文通過多種遺傳學手段驗證了候選

lncRNA 的功能,并通過生物信息分析和表達譜測序探究了其發揮作用的機制。有趣的是,通過分析候選 lncRNA 在腫瘤細胞發展不同階段的表達水平,發現篩選得到的正向調控細胞增殖的 lncRNA 發揮致癌作用,而負向調控細胞增殖的 lncRNA

發揮抑癌作用。這是首次實現對于非編碼元件的基因組水平的功能篩選,這一高通量技術平臺的建立不僅有助于人們研究影響細胞增殖的非編碼元件,還可以用于篩選發揮其他重要作用的非編碼元件或者基因組中的功能未注釋區域。

Bioinformatics:發布 CRISPR 研究新工具——CRISPR-DOMa J, K?ster J, Qin Q, Hu S, Li W, Chen C, Cao Q, Wang J, Mei S, Liu Q*, Xu H*, Liu XS* (2016). CRISPR-DO for genome-wide CRISPR design and optimization.

Bioinformatics. 32(21):3336-3338. 研究小組提出了一種網絡應用程式(CRISPR-DO),用于 spCas9 CRISPR 系統中引導性序列的設計和優化——在人類、小鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲基因組中。CRISPR-DO 使用一種計算序列模型來預測 sgRNA

效率,并採用一種特異性的記分函數來評估脫靶效應的可能性。它還提供了關于靶序列功能性保護,以及與外顯子、推定調控序列和單核苷酸多態性(SNP)重合的信息。該網絡應用程式有一個容易使用的基因組瀏覽器界面,以方便選擇最好的靶 DNA 序列用于實驗設計。目前,CRISPR-DO 在以下網站是可用的:http://cistrome.org/crispr/ 。

想與劉小樂教授「面對面」探討交流嗎?

點擊「閱讀原文」,即可報名參加「第一屆基因組編輯 / 生物合成學的基礎和應用研究研討會」。

相關內容

歡迎留言:

免费人成网站在线观看TV